Syarikat-syarikat Henry Dunant di Algeria telah bangkrap seperti firma kewangan Cridit Genevois akibat satu skandal. Pada 17 Ogos 1868 beliau diisytihar muflis oleh Mahkamah Perdagangan Geneva kerana amalan mengelirukan. Oleh itu masyarakat Calvinist mahu beliau dipinggirkan. Henry Dunant meletakkan jawatan setiausaha pada 25 Ogos 1867 dan pada 8 September 1867 meletakkan jawatan dari ICRC. Sejak itu Gustave Moynier telah menjadi Presiden dan memainkan peranan utama dalam ICRC.

Pada Februari 1868 ibu Henry Dunant meninggal dunia. Pada 1868 juga Henry Dunant disingkir dari YMCA kerana muflis. Pada 1867 Henry Dunant meninggalkan Geneva dan enggan kembali lagi. Gustave Moynier pula merancang agar semua wang insuran tidak diserahkan kepada Henry Dunant. Malah cenderahati 'Sciences Morales' dari Festival Paris Sedunia tidak diberi kepadanya sebaliknya diserahkan kepada Gustave Moynier dan Dufour agar wang diserahkan kepada Majlis. Napoleon III setuju membayar separuh hutang-hutang Henry Dunant jika kawsan-kawan Dunant membayar yang lain. Tetapi usaha ini juga dihalang oleh Moynier.

Dunant pindah ke Paris dalam keadaan papa kedana. Namun dia tetap meneruskan misi kemanusiaan dan organisasi sukarela.

Sepanjang Peperangan Perancis-Prusia (1870-1871) dia mengasaskan Persatuan Bantuan Bersama (Common Relief Society) dan 'Perikatan Bersama untuk Tamadun dan Pemerintahan'. Dia mencadangkan rundingan perlucutan senjata dan mengadakan mahkamah antarabangsa bagi memnyelesaikan konflik-konflik antarabangsa. Dia juga menyokong penubuhan negara Yahudi di Palestin. Kemudian dia bekerja di sebuah perpustakaan.

Henry Dunant masih hidup bangkrap dan terhutang akibat mengabaikan kehidupan peribadi dan tidak mempunyai sumber pendapatan. Semua kawan dan lawan menjauhkan diri.

Walaupun dia dilantik sebagai ahli kehormat Persatuan Palang Merah Austria, Belanda, Sweden, Prusia dan Sepanyol tetapi dia semakin dilupakan. Dia berpindah-randah dari Stuttgart, Rome, Corfu, Basel dan Karlsruhe. Di Stuttgart dia bertemu dengan Rudolf Muller di Universiti Tubingen, Jerman. Pada 1881 dengan bantuan rakan dia kembali ke kampung halamannya di Heiden, Geneva.

Pada 1887 Henry Dunant pergi ke London dan menerima bantuan kewangan dari pelbagai pihak dan kembali ke Heiden Julai 1997.

Pada 30 April 1892 beliau terlantar sakit di hospital yang dipunyai oleh Dr Hermann Altherr.

Di Heiden, Henry Dunant bertemu dengan seorang guru muda bernama Wilhelm Sonderegger dan isterinya Susanna. Mereka menubuhkan cawangan Palang Merah Heiden. Pada 1890 Henry menjadi presiden kehormat dan mahu meneruskan visi kemanusiaannya. Tetapi Gustave Moynier tetap memusuhinya. Wilhelm Sonderegger meninggal dunia pada 1904 ketika berusia 42 tahun. Pada 1935 Rene iaitu anak Wilhelm Sonderegger telah menerbitkan surat-surat daripada Henry Dunant kepada bapanya Wilhelm Sonderegger